Należy wiedzieć, że dominującą religią na Zanzibarze jest islam. Jego wyznawcy stanowią niemalże 99 procent (stan na 2018 rok) populacji archipelagu, z czego większość to sunnici. Początki tej religii sięgają tu pierwszego milenium naszej ery, kiedy arabscy i perscy kupcy docierali na Zanzibar i nawiązywali z miejscowymi kontakty handlowe. W późniejszych latach zaczęli się tu także osiedlać, propagując przy okazji swoją religię. Islam umocnił się na Zanzibarze w okresie sułtanów. Choć archipelag uznawany jest za ostoję konserwatywnego islamu, być może lekkie podejście do życia sprawia, że religia ta nie ulega tutaj niebezpiecznej radykalizacji. W każdej miejscowości zanzibarskiej znajduje się co najmniej jeden meczet.

Na Zanzibarze żyją także chrześcijanie, a ich odsetek wynosi niewiele ponad 0,5% populacji. W okresie Wielkanocy w 1980 roku powstała na Zanzibarze diecezja rzymskokatolicka, podlegająca arcybiskupstwu w Dar es Salaam. Wcześniej zanzibarscy katolicy podlegali Kościołowi wschodnioafrykańskiemu, a przez krótki czas – od 1953 do 1964 roku – Kościołowi kenijskiemu. Główną świątynią jest kościół pod wezwaniem św. Józefa w Stone Town. Znacznie wcześniej, bo w 1892 roku, utworzono tu diecezję anglikańską, a pierwszym biskupem był Charles Smith. Diecezja obejmowała także kościoły na wybrzeżu Tanganiki, co zostało sformalizowane w 1963 roku, kiedy zmieniono jej nazwę na Diecezję Zanzibaru i Dar es Salaam. Dwa lata później w Dar es Salaam utworzono odrębną diecezję, wskutek czego zanzibarska zmieniła nazwę na Diecezja Zanzibaru i Tangi. Dopiero w 2001 roku rozdzielono archipelag od stałego lądu i dzisiejsza Diecezja Zanzibaru obejmuje wyłącznie wyspy Unguja i Pemba i podlega arcybiskupstwu Tanzanii z siedzibą w Dodomie. Głównym kościołem anglikańskim jest katedra anglikańska w Stone Town.

Na Zanzibarze wyznawany jest także hinduizm – przez potomków przybyszów z Indii. W Stone Town znajduje się kilka świątyń hinduistycznych. Praktykuje się także religie animistyczne, rzadko jednak zdarza się, aby ludzie wyznawali tylko taką wiarę. Najczęściej to muzułmanie nadal kultywują pewne dawne wierzenia i w dość elastyczny sposób włączają je do codziennego praktykowania islamu.